O MEI pode ter o contrato de trabalho interrompido a qualquer momento com a empresa contratante?

Dependendo dos termos do contrato firmado entre as partes, este pode ser sim rescindido a qualquer momento, caso seja o desejo de ambas as partes.
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Além disso, se no contrato houver previsão de indenização caso seja interrompido sem aviso prévio ou semelhantes, vale o empregado cobrar por seu direito. Caso contrário, não existe base legal.
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É de suma importância destacar que, no caso de rescisão imotivada do contrato de serviços, o prestador fará jus ao recebimento de indenização correspondente a 50% do que receberia até o final da vigência do contrato.